Die Thumbnails liegen auf dem Server im Ordner data/pixtacy_thumbnails. Allerdings gibt es normalerweise keinen Grund, dort Dateien manuell zu löschen, denn wenn man Bilder aus Pixtacy entfernt, werden die Thumbnails automatisch gelöscht.
Falls es darum geht, die Thumbnails neu erzeugen zu lassen: Dafür gibt es die Funktion "Bilder aktualisieren" im gelben Aktionspanel.
Pixtacy-Support