Die obere und untere Navigationsleiste sollten auch bearbeitet werden können. Zudem wäre es praktisch wenn das eigene Design (CSS-File) auch an einem "Update-sicheren" Ort liegen würde. Warum nicht den Ordner Views umbenennen und alle eigenen Files, welche sich auf das Template auswirken, dort unterbringen?
Kopieren Sie doch einfach die veränderte CSS Datei in den gleichen Ordner, wo auch die geänderten Templates liegen und fügen Sie unter Einstellungen->Erscheinungsbild folgenden HTML Code in den Kopf Bereich ein:
<link rel="stylesheet" href="config/views/style.css" type="text/css">
Schon ist die CSS Datei auch Updatesicher.