Haben sich vielleicht die FTP-Zugangsdaten des Servers geändert? Dann müsstest Du unter "Einstellungen > FTP-Daten" die Einstellungen entsprechend korrigieren.
Der Fehler kann auch mit den Sicherheitseinstellungen des Webbrowsers zusammenhängen, die von Version zu Version schärfer werden und den Einsatz von Java-Applets zunehmend erschweren. Deshalb bietet Pixtacy seit Version 4 einen alternativen Uploader an, der ohne Java auskommt. Aktivieren lässt er sich, indem Du unter "Einstellungen > Dateien" auf den "direkten Serverzugriff" umschaltest. Dann spielt es keine Rolle mehr, ob korrekte FTP-Daten hinterlegt sind, oder nicht.